Fra i manoscritti di Filippo Re sono conservati parecchi elenchi ed alcuni veri e propri cataloghi dei volumi appartenuti alla sua biblioteca. Nel Catalogo de' libri di Filippo Re, volume autografo di 82 c. con legatura in mezza pergamena, l'agronomo reggiano ha registrato accuratamente, anno per anno, i titoli ed il prezzo dei libri che sono entrati a far parte della sua biblioteca dal 1806 al 1817. Per i libri acquistati fino al 1811 è indicata una spesa complessiva di 12.791,97 lire italiane, mentre a tutto il 1812 i suoi volumi ammontavano a 4302. Da un'analisi di questo e degli altri cataloghi manoscritti, ci si rende conto di quanto vaste fossero le sue conoscenze nel campo delle discipline naturali e segnatamente di quelle agronomiche.

Filippo Re, Libri di botanica e fisica vegetale, 1814, 18 c., autogr., leg. in cartone (Mss. Regg. D 86/27, c. 16v-17r).

Questo quaderno autografo contiene interessanti citazioni di opere appartenenti a Filippo Re, che documentano l'ampiezza e la varietà dei suoi interessi scientifici e del suo programma di studio. Vi sono citati, fra gli altri, l'Histoire des arbres et arbrisseaux (Parigi, 1809, 2 vol.) del botanico francese René Louiche Desfontaines (1750-1833), il Dizionario botanico italiano (Firenze, 1809, 2 vol.) del medico e botanico toscano Ottaviano Targioni Tozzetti (1755-1826) e le fondamentali opere di Ulisse Aldrovandi e Giacomo Zanoni.

Tipico rappresentante del naturalismo enciclopedico cinquecentesco, lo scienziato bolognese Ulisse Aldrovandi (1522-1605) raccolse campioni di minerali, piante e animali che ordinò in un proprio museo visitato da scolari e studiosi. Nella sua monumentale produzione scientifica, l'immagine svolge un ruolo centrale, come indispensabile supporto all'indagine naturalistica. La sua Dendrologiae naturalis, scilicet Arborum historiae libri duo (Bologna, 1668), unica sua opera di botanica edita, fu stampata postuma a cura del medico e letterato bolognese Ovidio Montalbani (1601-1671). La presenza di un esemplare di quest'opera e di quella dello Zanoni nella biblioteca di Filippo Re, conferma l'interesse dell'agronomo reggiano per le fonti antiche e moderne delle discipline da lui coltivate.

Tra i grandi botanici del Seicento vi è anche una gloria reggiana: Giacomo Zanoni (1615-1682) di Montecchio, che fu prefetto dell'Orto botanico di Bologna e che perfezionò il metodo di essiccazione delle piante destinate agli erbari, studiandone inoltre una migliore nomenclatura. La sua Istoria botanica (Bologna, 1675), pubblicata in tarda età, è corredata da numerose tavole di maestosa eleganza, che forniscono un'immagine molto precisa dei vegetali rappresentati.